よくある質問

よくありそうな質問を掲載しています。よくあった質問は随時追加されます。こちらを見ても不明な点は sakura.consortium@gmail.com までお問い合わせください。


なぜ、ソメイヨシノなのですか?

全国に存在するソメイヨシノは、全てクローンです。これは、同じゲノムを持つ生き物が、日本全国で様々な環境にさらされていることを意味しています。単一クローンであるソメイヨシノと環境との相互作用による細菌叢の変化を知るすることが、本プロジェクトにおける学術的な意義であると考えています。何より、多くの日本人はソメイヨシノが大好きです :)

参加することのメリットは?

本プロジェクトは参加型企画としてセッションを行うことと同時に、結果を論文として発表することを目標としています。サンプリングに参加し、NGS現場の会 第四回研究会 お花見メタゲノムセッションに参加して頂くと、サクラコンソーシアムの一員として名前を掲載させていただきます。サンプリングのみに参加した場合は、別途名前を掲載します。サンプリングに加えて解析に参加して頂いた場合には、上位に名前を掲載します。また、コンテストの優勝者を筆頭とする予定です。

参加するために必要なコストは?

採集後の検体の搬送料を負担して頂きます。地域によりますが、およそ1,000円前後になります。

どのようなシーケンスを行うのですか?

原核生物のゲノム中には16Sリボソーム領域があります。この中に、V3-V4と呼ばれる領域があり、細菌によって配列が少しずつ異なります。この配列をシーケンスして、配列でデータベースを検索することによって、どのような細菌がどのくらいいたのかを推測します。

応募について


どうすれば参加できますか?

サンプリングと解析への参加の登録は既に終了しました。関連する情報や進捗状況については、本ウェブサイト上でセッション直前まで公開していきます。サンプリングに参加されなかった方も、セッションでの議論に是非ご参加ください。

キットはいつ頃届きますか?

開花予想日が3/30日までの地域に関しては、3/20頃までにキットをお送りいたします。その他の地域に関しては、3/30日までにお送りいたします。なお、今年の開花予想は、 http://sakura.weathermap.jp から見ることができます。

応募したのにキットが来ません。

sakura.consortium@gmail.com までご連絡下さい。直ちに対応させていただきます。

サンプリングについて


ソメイヨシノ以外のサクラを採取しても良いですか?

今回の研究は単一クローンであるソメイヨシノのみに対象を絞っています。

ソメイヨシノがどの花かわかりません。

こちら (link) やこちら (link) のページを参考にして下さい。

[2015/03/30] ソメイヨシノかどうか分からない場合は、萼筒、萼片や葉の様子から見分けることができます。こちら (link) のページを参考にしてください。のちに確認できるよう、サンプリングの際には花の様子を写真に撮ることもお忘れなくお願いします。

キットが2つ送られてきました。これはなんですか?

1セットのお申込みにつき、2つのキットを送付しています。これは予備ではありません。今回のサンプリングは、1セットにつき「ある条件において異なる2つの地点」からサンプリングを行うことになっています。

サンプリングを行う2地点はどのように選べばよいですか?

自由に選んで頂いて構いません。例としては、木の高さ、道路に面している/いない、日当たりが良い/悪い、花の生長具合、東西南北など、様々な切り口で異なる2地点を選んでください。ただし、サンプルの違いに複数の条件があると解析が困難になるため、1つの異なる条件以外は同じ条件となるようにサンプリングを行うことをお願いしています。サンプリング時の条件については、メタデータとして報告して頂きます。

サンプリングはどのように行えばよいですか?

開いている1つの花の5枚の花弁(花びら)を、まんべんなくキットの綿棒でぬぐい、保存溶液につけて軽く揺すって下さい。これを、一つの採取キットについて最低10個の花に対して行って下さい。ぬぐう量が少ないと細菌がうまく検出されないことがあります。

2地点について10個ずつの意味がわかりません。

まず、どのような要素が桜の花の細菌叢に影響を与えるか、仮説を立ててみてください。たとえば、「日当たりのいい場所と悪い場所では細菌叢が違うのではないか?」という仮説を立てたとします。そうしたら、「日当たりのとてもいい場所に咲いている桜の木」と「日当たりの極端に悪い場所に咲いている桜の木」を1本ずつ選びます。これが2地点です。

2地点を選んだら、それぞれの木に咲いている桜の花の細菌叢を、キットでぬぐってサンプリングします。この際、桜の木の花びらを1枚ぬぐっただけでは、細菌叢の量が少なくシーケンスに十分な量のDNAが得られません。そこで、同じ木に咲いている桜の花を10個ほど選んで、10個の桜の花の、花びらの裏表、花蜜の部分をぬぐってサンプリングします。これが「10個ずつ」です。

サンプリングに関して注意点はありますか?

サンプリングを行っている間は喋らないようにするなど、できるだけコンタミを防ぐようにお願いします。お送りしたサンプリングキットにはマスクと手袋を同封しましたので、こちらをご利用ください。また、綿棒や液体を直接手で触らないで下さい。もし触れてしまった場合は、その旨を必ずメタデータとして記述して下さい。

花を取ってキットの中に入れても良いですか?

フィージビリティースタディの結果から、植物の成分が入るとうまくDNAが増幅しない可能性があることがわかりました。また、公共の場にある桜の木から花を取ると、器物破損や窃盗に問われる可能性がありますので、キットの綿棒でぬぐうだけにして下さい。

搬送前のサンプルはどのように保管しておけばよいですか?

採集キットごと、ご家庭のもので構いませんので冷凍庫で保存して下さい。

サンプルの返送について


サンプルはどのように送ればよいですか?

クロネコヤマトのクール宅急便(冷凍)で、指定の住所にお送りください。到着日の期限は5月15日です。送り先の住所は、別にお送りしているメタデータ登録用ページでご案内しています。曜日や時間の指定はありません。ヤマト運輸の利用が困難という場合、また他に不明な点がある場合は企画チームまでご連絡ください。

コンビニエンスストアでは冷凍便の集荷は受け付けてもらえないことがありますのでお気をつけください。集荷等の詳細はクロネコヤマトのページ (link) をご覧ください。

(2015/03/30) 当初は期日指定にてお送りくださいとご案内していましたが、クロネコヤマトの冷凍便は期日指定ができないとのことですので、期日指定なしでの返送をお願いします。

サンプルの到着が5/15日以降になりそうです。

sakura.consortium@gmail.com まで連絡を頂き、ご相談下さい。データ解析結果の共有を研究会に間に合わせるためには、2週間でDNA抽出からシークエンス解析までを行う必要があります。したがって、サンプルの到着が遅れた場合は、解析ができない可能性があることをご了承ください。

なぜ配送料を負担しなくてはならないのですか?

本企画は「全員参加型」として、できるだけ多くの方に参加して頂きたいと考えております。限られた予算で企画を実現するため、参加者にもご負担を頂く必要があることをご理解ください。なお、複数人でまとめて送って頂いても構いません。

サンプルを通常郵便で送ってはいけませんか?

フィージビリティースタディを行った結果、常温では検体の細菌叢を2日程度しか維持できないことがわかりました。したがって、安定した解析のために冷凍便での発送をお願いしています。

なぜ、配送日が指定されているのですか?

受入日を固定することで人件費を節約し、少しでも解析費用に回すためです。お手数ですが、ご協力よろしくお願いいたします。

データ解析について


データ解析を希望します。何をすればいいですか?

解析者は、シーケンサーから得られた配列データの解析を行っていただきます。解析結果を、NGS現場の会のセッションで発表していただきます。発表は、第四回研究会企画チームを中心とする審査委員によって審査され、最も優秀な発表者にはベストアナリスト賞を授与いたします。なお人数が多い場合には、セッションの発表者として採択されない場合があることをご了承下さい。

解析のスケジュールを教えてください。

6月第一週を目処に、配列データをお渡しする予定となっています。6/19(金)までに、解析結果をスライドにまとめて、 sakura.consortium@gmail.comまでメール添付で送信して下さい。 6/23(火)までに採否の連絡を致します。ライブラリ調整に時間を要しており、テスト用データの配布が遅れています。順次アナウンスしますので、しばらくお待ちください。

配列データのフォーマットを教えてください。

配列データは、リードの生データ、アダプターを除去したデータ、およびサクラコンソーシアムでOTU化しアノテーションを付けた3種類を用意します。解析にはどのデータを用いて頂いても構いません。